グループウェアアプリで登録したスケジュールはグループウェアのスケジュール機能にも反映しますか？

反映されます。
グループウェアアプリとグループウェアは双方向連携ができます。
ただし、グループウェア上で登録したアイコンや添付ファイルは、グループウェアアプリへ連携できません。
※[予定の色]や、[オプション]で選択できる[外][仮][重][フラグ]の4つのアイコンは連携ができます。

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