Web勤怠で、ユーザーの超過が発生する場合は事前に申し込みする必要がありますか？

必要ありません。
料金は、月中の最大ご利用実績に応じて計算され、翌月のご請求となります。

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Web勤怠の請求金額は、どのようにして決まりますか？