desknet's Syncは、一部のユーザーだけ利用させることはできますか？

できます。

(管理者権限が必要です。)
操作方法は、まず、グループウェア画面から[desknet's Sync]を開きます。
次に、[ユーザー設定]をクリックします。
最後に、利用させたいユーザーの[利用許可]を[有効]に設定し、[更新]をクリックすると登録できます。

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