グループウェア上に登録したデータの保存期間は設定できますか？

できます。

(管理者権限が必要です。)
[管理者設定]を開き、画面右上の[スパナマーク]＞[基本設定]＞[データの保存期間設定]にて、機能ごとに設定できます。
なお、各機能の初期設定値は、すべて[無期限]となります。

関連情報はこちら。
各機能のデータの保存期間を設定できますか？