作成者や登録者のユーザー名に、(削除されました)と表示されています。これを非表示にできますか？

できません。
削除したユーザー名を表示させたくない場合は、作成されているデータ（回覧レポート、インフォメーションなど）を、再度新規作成する必要があります。