タイムカードで、新しい勤務体系を設定した場合、設定が適用されるのはいつですか？

管理者の画面にて設定された、[印字段変更時刻]を過ぎると適用されます。

例えば、印字段変更時刻が4:00に設定されている場合、勤務体系を5月10日13:00に変更すると、新しい勤務体系は5月11日4:00以降に適用されます。
それまでの勤務は、旧勤務体系に基づいて管理されます。

関連情報はこちら。
タイムカードの印字段変更時刻とはなんですか？