勤務体系を9時から18時、休憩時間を420分で60分休憩と設定し、9時から18時まで就業した場合、休憩時間として就業時間から60分引かれますか？

はい、就業時間から60分の休憩時間が引かれます。
勤務時間内の就業時間が540分(9時間)となるため、60分の休憩時間が適用されます。