勤務体系を9時から18時、休憩時間を420分で60分休憩と設定し、13時から22時まで就業した場合、休憩時間として就業時間から60分引かれますか？

引かれません。

この場合、出社時刻13時から定時18時までの5時間が勤務時間内の就業、定時18時から退社時刻22時までの4時間が勤務時間外の就業に分けられます。
勤務時間内の就業は5時間なのですが、[休憩時間]設定では、勤務時間内の就業時間420分(7時間)以上の場合に60分の休憩を与える設定となっており、今回の場合は420分の就業時間に満たないため、休憩時間は適用されません。