申請書の書式や経路の管理ができても、承認された申請書については見せたくないユーザーがいます。そのような設定はできますか？

（管理権限が必要です。）
設定することができます。[機能管理]＞[申請書・経路管理者設定]からご設定頂くことで、設定されたユーザーは申請書の書式や経路のみ管理ができるようになります。