申請書式の設定画面で[申請完了時の保存フォルダ]を選択する際、表示されないフォルダがあります。対処方法を教えてください。

[文書管理]のフォルダのアクセス権で、[参照]権限がないフォルダは設定できません。
[文書管理]にて対象フォルダのアクセス権を変更した後、改めて設定してください。

関連情報はこちら。
文書管理で、フォルダのアクセス権の変更方法を教えてください。