受信メールサーバーにたまっていたメールを削除したのですが、使用量が「4.00KB使用」と表示されてしまいます。

メールアカウント1つにつき、システム使用容量が4KBとなっているため、メールサーバ上からすべてのメールを削除しても、必ず4KBは使用容量として表示されます。