メールサーバーにたまっていたデータを削除したのですが、Plesk管理画面のディスクスペースの容量が減りません。

表示される使用容量は、1時間ごとに集計・更新されます。
なお、[メール]画面の[使用量統計を更新]をクリックすると、その時点でのメールアカウント毎の使用容量を再集計し、容量が表示されます。