メールサーバーにたまっていたデータを削除したのですが、Plesk管理画面のディスクスペースの容量が減りません。

表示される使用容量は、1日1回、深夜3時前後に集計されます。
そのため、削除を行ってもすぐにディスクスペースの容量には反映されません。
なお、[メール]タブの[使用量統計を更新]をクリックすると、その時点でのメールアカウント毎の使用容量を再集計し、容量が表示されます。