対象のユーザーにはウェブメールを利用させない設定はできますか？

できます。

(管理者権限が必要です。)
設定方法は、まず、ポータル画面から[ウェブメール]を開くと受信トレイが別タブで開かれるため、タブを戻り、[ウェブメールは別ウィンドウで表示されます。]の画面を開きます。
次に、画面右上の[歯車マーク]＞[機能管理]＞[個人アカウント設定]＞[アカウント設定]を開きます。
[組織選択]より[(すべて)]を選択します。
最後に、対象のユーザーにチェックを入れ、[利用させない]をクリックし、確認画面で[はい]を押すと完了です。

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