文書管理で、アップロードしたExcelファイルなどを直接編集できますか？

直接編集の機能が無いため、できません。
ファイルの中身を変更する場合は、一度ダウンロードし、ファイルを編集してから、改めてアップロードする必要があります。

なお、オプションサービスのファイル共有サービスは、オンライン上で直接編集ができます。
■オンラインファイル共有サービス（ファイルストレージ）